El-Sisi tham gia quân đội năm 1977 phục vụ trong bộ binh cơ giới, chuyên về chiến tranh chống tăng và chiến tranh súng cối. Ông trở thành Tư lệnh Quân khu Bắc Alexandria năm 2008 và sau đó là Giám đốc Tình báo và Trinh sát Quân sự. El-Sisi là thành viên trẻ nhất của Hội đồng tối cao các Lực lượng vũ trang Ai Cập. Khi còn là thành viên của Hội đồng Tối cao, ông đã đưa ra những tuyên bố gây tranh cãi liên quan đến cáo buộc rằng binh lính Ai Cập đã bắt giữ những người biểu tình bị giam giữ để kiểm tra trinh tiết. Ông được cho là đã nói với tờ báo nhà nước của Ai Cập rằng "thủ tục kiểm tra trinh tiết đã được thực hiện để bảo vệ các cô gái khỏi bị hãm hiếp cũng như để bảo vệ các binh sĩ và sĩ quan khỏi các cáo buộc cưỡng hiếp". Ông là thành viên đầu tiên của Hội đồng tối cao các lực lượng vũ trang thừa nhận rằng các thử nghiệm xâm lấn đã được thực hiện.

Chỉ huy chính

• Chỉ huy trưởng, Tiểu đoàn bộ binh cơ giới 509
• Tham mưu trưởng, Lữ đoàn bộ binh cơ giới 134
• Tư lệnh, Lữ đoàn bộ binh cơ giới số 16
• Tham mưu trưởng, Sư đoàn bộ binh cơ giới số 2
• Tham mưu trưởng, Quân khu phía Bắc
• Phó Cục trưởng Cục Tình báo và Trinh sát Quân sự
• Cục trưởng Cục Tình báo và Trinh sát Quân sự

Chỉ huy của Sư đoàn cơ giới 23, Quân đoàn 3.

Bộ trưởng Bộ Quốc phòng

Vào ngày 12 tháng 8 năm 2012, Tổng thống Ai Cập Mohamed Morsi quyết định đưa ông vào thay thế Thống chế Mohamed Hussein Tantawi thời Tổng thống Hosni Mubarak, vào vị trí Tổng tư lệnh Lực lượng Vũ trang Ai Cập kiêm Bộ trưởng Bộ Quốc phòng. Ông cũng được thăng quân hàm Đại tướng. Sisi sau đó được trang web chính thức của FJP mô tả là một "Bộ trưởng Quốc phòng có khẩu vị cách mạng".Sau đó ông được quyền Tổng thống Adly Mansour bổ nhiệm làm Phó Thủ tướng Ai Cập. Vào ngày 27 tháng 1 năm 2014, ông được thăng quân hàm Thống chế.